V aplikacích portálu MOJE daně není použití operačního systému omezeno, je však třeba používat aktuální verze, které jsou podporovány výrobcem, jsou pro ně vydávány aktualizace a bezpečnostní záplaty.
Z výše uvedeného vyplývá, že pro práci s portálem MOJE daně není možné používat starší operační systémy - například: Windows XP, Windows Vista, Windows 7 a podobně. Podpora těchto operačních systémů byla výrobcem před delší dobou ukončena.