V aplikacích portálu MOJE daně není použití operačního systému omezeno, je však třeba používat aktuální verze, které jsou podporovány výrobcem, jsou pro ně vydávány aktualizace a bezpečnostní záplaty.
Z výše uvedeného vyplývá, že pro práci s portálem MOJE daně není možné používat starší operační systémy Windows XP a Windows Vista. Podpora těchto operačních systémů byla výrobcem před delší dobou ukončena. Aplikace portálu MOJE daně v současné době podporují operační systém Windows 7 a vyšší.